Program studi S1 Proteksi Tanaman didirikan pada tahun 1985 berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Dikti Nomor 22 /DIKTI/KEP/1985 dan saat ini nama program studi berdasarkan Surat Keputusan Rektor Universitas Gadjah Mada Nomor 1718 /UNI.P /SK/HUKOR/2017. Program studi Proteksi Tanaman terakreditasi A (sangat baik) yang diberikan oleh Badan Akreditasi Nasional (BAN PT).
Tahun akademik program studi dimulai pada bulan Agustus dan berakhir pada bulan Juni setiap tahunnya dan dibagi menjadi 2 semester (semester ganjil dimulai pada bulan Agustus sampai dengan bulan Desember dan semester genap dimulai pada bulan Februari sampai dengan Juni). Kurikulum Proteksi Tanaman dirancang untuk diselesaikan dalam 8 semester (4 tahun). Mata kuliah terdiri dari mata kuliah wajib dan mata kuliah pilihan. Mahasiswa harus mengambil mata kuliah minimal 144 SKS (SKS) yang setara dengan 233,1 ECTS. Besaran kredit tersebut diperoleh dari perkuliahan, praktikum, kerja lapangan, kuliah kerja nyata (KKN) dan skripsi.
Perkuliahan dijadwalkan dari Senin sampai Jumat mulai dari jam 7 pagi sampai jam 5 sore. Dalam satu semester perkuliahan terdiri dari 16 sesi dimana 14 sesi untuk tatap muka, 1 sesi untuk ujian tengah semester dan 1 sesi untuk ujian akhir.
Mahasiswa didampingi oleh seorang dosen pembimbing akademik (DPA) yang ditentukan oleh program studi untuk mendukung keberhasilan studinya. Dosen pembimbing akademik wajib memberikan masukan dalam menentukan mata kuliah yang akan diambil mahasiswa sesuai dengan minatnya. Dosen pembimbing akademik juga berkewajiban membantu mahasiswa dalam hal-hal non akademik seperti masalah pribadi yang mempengaruhi prestasi akademik, partisipasi dalam penelitian, lomba karya tulis ilmiah, dan peluang kerja.
